1.评估制度的行政化倾向严重
国外高校的评估制度一般不受政府的直接控制，而是普遍采用社会外部评估和高校自我评估的方式，与国外的高校评估制度不同，我国的高校评估主要由政府操控，具有较严重的行政化倾向。政府集对高校的管理、举办和评估于一身，其他评估主体缺乏参与，评估制度无法较好地反映出高校的真实质量水平，也难以激励和推动高校教育水平的进一步提高。
2.评估制度缺乏其他利益相关者的参与
在市场经济体制下，现代大学已非计划经济时代由政府单向管理的行政附属机构，而是不同利益相关者不同利益诉求的汇聚之地，政府、市场以及学者共同影响着高等教育的发展和变革。因此想要建立科学、规范的高校评估制度，就必须吸收不同利益相关者和社会力量的共同参与，建立政府机制、市场机制和高校自评机制协同发展的模式，才能契合当前建设现代学校制度的需要。然而我国的高校由于长期缺乏办学自主权，政府依然是评估的主体，社会上除教育部学位与研究生教育发展中心、江苏省教育评估院等半官方的事业性中介组织外，其他专业性中介组织如中国高等教育学会、全国教育评估机构协作会等很难获得受委托进行评估的机会，其结果必然导致高校评估社会参与机制的缺失，使高校忽视市场和学生的需要，缺乏办学特色，千校一面。
