下午5时40分，以陆军最高司令部的名义发表公告宣布，布隆迪武装部队在分析了国家严重的社会经济形势后，决定解除巴加扎的总统、乌普罗纳党中央委员会主席、武装部队最高司令、政府首脑等一切职务，解散乌普罗纳党中央委员会、国民议会和巴加扎政府，并停止实施宪法，还决定成立救国军事委员会接管政权。公告还宣布，政府所有的部长、乌普罗纳党和布隆迪司法委员会的领导成员全部被解职。公告指责巴加扎随心所欲的经济政策以及不顾后果的内政外交，使布隆迪经济出现危机、社会陷于混乱、与邻国的关系不正常，过激的宗教政策引起教育系统的混乱和教徒的迷惑。
武装部队接管政权后，要求各省省长继续行使自己的职责，公共和私营部门的官员和职员继续从事自己的工作，政府各部的日常工作由各部秘书长负责处理，并呼吁全国各族人民保持平静，以保证国家的安全。
阻止反政变
被废黜的巴加扎总统得到国内发生政变的消息后，即乘机离开加拿大返国。巴加扎返国的消息引起政变当局的紧张，他们害怕巴加扎回国后组织反政变，便命令在布琼布拉机场跑道设置障碍并封锁边境。法航班机因布琼布拉机场被封锁，只有将巴加扎和他的16名助手运载到肯尼亚内罗毕机场。5日晚，巴加扎从肯尼亚飞赴乌干达，在国家宫受到乌干达穆塞韦尼总统的接见，后乌干达政府宣布给予巴加扎政治避难权。巴加扎还通过使者要求坦桑尼亚阿里·哈桑·姆维尼总统提供一支“远征军”，帮助他重新获取政权，但遭到姆维尼总统的拒绝。因此，政变当局一直防范巴加扎潜返布隆迪。