对于溶洞里各种形态的钟乳石，徐霞客都作了比较科学的命名，如他称洞底耸立的钟乳石为“石笋”、“乳笋”，悬垂在洞顶的为“玉乳”、“石乳”，上下相连如柱者为“石柱”、“乳柱”、“琼柱”，而“石幢”、“石床”、“石蕊”、“石龙”等则是他对一些特殊形态的钟乳石给予的形象称呼，这些命名和称呼在今日介绍钟乳石时仍常被使用。徐霞客并未略过探讨钟乳石的成因，他指出：“盖石膏日久凝胎而成”[70]，“皆玉乳之所融结”[71]，“皆石髓所凝”[72]。虽然当时他还无法知道这些从水中结晶析出的物质是碳酸钙而称之石膏、玉乳等，但其意已清楚表示水中夹带有形成钟乳的物质，这种见解是符合科学的。
徐霞客对石灰岩岩溶地貌的系统考察和科学记述从时间上看比欧洲最早研究喀斯特地貌（即石灰岩地貌）的学者爱士倍尔（Esper）早一百多年，比欧洲最早对喀斯特地貌进行系统分类的瑙曼（C.Fr.Naumann）早二百多年。由此可见，《徐霞客游记》是无可争议的世界上最早的石灰岩岩溶地貌学文献，它的科学价值至今仍有待进一步认识。
徐霞客的科学考察并非只有石灰岩地貌一项，而是多角度地探索各类自然奥秘。在我国许多地区，尤其长江以南地区存有丰富的砂岩峰林地貌（丹霞地形），这种地貌是由裸露于地表的厚层砂岩地层经重力崩裂、风化、流水切割等作用而形成的。徐霞客经考察后认为砂岩岩石具有如下的特点，一是有层理，即“石脉”；二是质地较粗，可以分辨出颗粒状结构，有的含有卵石（指砾岩）；三是颜色或赭或黑或赭黑相杂，其中以赭红色最为普遍。徐霞客对砂岩岩石这些特点的概括，也是符合科学实际的。